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Bordeaux Proteome est une plateforme scientifique et technologique ouverte à l’ensemble des communautés scientifiques, académiques comme privées, par la mise à disposition de services, de matériels et d’expertises dans le domaine de l’analyse protéomique.
S’appuyant sur des technologies et méthodologies novatrices et sur un parc d’instruments de dernière génération, la Plateforme Bordeaux Proteome propose des prestations en analyse des protéines par spectrométrie de masse et techniques séparatives associées.
Une offre de service complète intégrant l’identification, la caractérisation et la quantification / analyse différentielle des protéines est proposée par la plateforme.
Depuis 2015, Bordeaux Proteome est certifiée ISO 9001 et NF X 50-900. Le Système de Management de la Qualité certifié concerne nos activités : recherche, développement technologique et expertise en spectrométrie de masse et protéomique dans les domaines de la biologie, de la santé et de l’agronomie.
Notre expertise
- Identification des protéines en mélange complexe.
- Quantification et mesure d’expression différentielle des protéines avec / sans marquage.
- Caractérisation des modifications co/post-traductionnelles.
- Séquençage de novo (sans comparaison à des bases de données existantes).
- Identification des partenaires protéiques (interactomique, complexes protéiques).
Notre offre
Une plateforme
Une organisation
Plusieurs activités




Proteomique d’expression differentielle
Identification de biomarqueurs
Interactomique
Modifications Post-Traductionnelles
Deep Proteome
Cohortes cliniques
Analyses Multi-omiques (proteines, lipides, polysaccharides)
Analyse de traces
Identification taxonomique
Sequençage de novo
Modifications des protéines
Distribution spatiale sur tissus
Multi-omique
Multi-modale
Quantification de composés exogènes par MALDI MSI
MSI data processing
Profilage de glycosylation
Complexes protéiques
Interactions protéine-protéine/ligand
Crosslink
HDX-MS
Profil d’interaction par affinité
LiP-MS (protéolyse ménagée)
Caractérisation des protéines par Top-Down MS
Nos services
Préparation des échantillons | Analyse des protéines et des peptides | Analyse des données | Expertises R&D |
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Pour l’analyse en spectrométrie de masse | Par spectrométrie de masse à haute résolution | Traitement bio-informatique | Avec l’équipe M3S du CBMN |
Séparation électrophorétique ou chhromatographique Enrichissement ou déplétion des protéines Enrichissement de sous-espèces peptidiques (phosphoprotéomique, glycosylation …) Protéolyse in gel, en solution, multi-enzymatique, pour l’étude de traces | Analyses haute résolution MS et nanoLC-MS/MS (Orbitrap) Gradients chromatographiques rapides ou résolutifs Fragmentations CID, HCD, ETD, EThcD, UVPD | Logiciels et architecture serveur dédiés à l’identification et à la quantification des protéines Nouveauté 2024: Chimerys, algorithme de recherche en database basé sur l’Intelligence Artificielle (IA) Intégration de données omiques en partenariat avec le Centre de Bioinformatique de Bordeaux: validation statistique, enrichissement en termes GO, outils de visualisation et interprétation des résultats, annotation fonctionnelle des protéomes | Analyse structurale par échange isotopique ou cross-linking: étude conformationnelle, interaction cartographie d’épitopes Imagerie MALDI des lipides, métabolites, peptides/protéines Analyse de protéines intactes de type « Top-down » Analyse de glycoprotéines / glycopeptides Analyse de traces et ultra traces |