La Plateforme Bordeaux Proteome propose une expertise et des équipements pour la séparation, l’identification et la caractérisation des protéines, la quantification et l’analyse différentielle ou encore la recherche de partenaires protéiques.

L’analyse des protéines est réalisée par la méthodologie dite « bottom-up » à partir d’équipements couplant la nano-chromatographie liquide à des spectromètres de masse de dernière génération équipés d’analyseurs de type Orbitrap. Ces nouvelles générations d’analyseur permettent une analyse à très haute résolution et à très haute vitesse de balayage pour une sensibilité optimale autorisant l’analyse d’échantillons complexes voir très complexes.

Concernant la protéomique quantitative/différentielle, Bordeaux Proteome offre la possibilité d’analyser vos échantillons par la technique label-free qui permet de comparer plusieurs échantillons sans étape de marquage des protéines/peptides. Le choix du design expérimental (label-free, SILAC, TMT,…) est cependant guidé par différents facteurs dont le type d’échantillons (cultures cellulaires, tissus…), leur complexité, la quantité de matériel à disposition… Alternativement les méthodes de marquage isotopique sont également disponibles et permettent d’envisager un fractionnement protéique ou peptidique avec un minimum de biais expérimentaux à l’analyse.

L’analyse de protéines intactes (purifiées ou en mélange), est possible par l’approche dite « top-down », à partir des méthodes implémentées sur les dernières générations d’instruments disponibles au sein de Bordeaux Proteome.

Pour l’étude des espèces non séquencées, Bordeaux Proteome propose son expertise relative à l’identification des protéines par séquençage de novo. Différents logiciels spécifiques à ce type d’analyse sont disponibles.

Enfin, Bordeaux Proteome propose différentes stratégies d’enrichissement et/ou d’analyse bio-informatique pour la caractérisation de modifications co/post-traductionnelles (i.e. phosphorylation, ubiquitination, glycosylation).

S’agissant de séparation des protéines, Bordeaux Proteome propose des techniques électrophorétiques mono- (SDS-PAGE, BN-PAGE, 16-BAC-PAGE, IEF) ou bi-dimensionnelles (BN/SDS-PAGE, 16-BAC/SDS-PAGE, IEF/SDS-PAGE). Les gels peuvent être colorés au moyen de différents colorants visibles et fluorescents (Coomassie Blue, Colloïdal Blue, Silver (MS Compatible), Pro Q Diamond, Ruthenium II, Sypro, Deep Purple). Le transfert sur membrane des gels est également possible

La séparation des protéines en veine liquide par iso électrofocalisation (IEF) ou en fonction de leur masse moléculaire peut être réalisée sur des systèmes commerciaux disponibles, respectivement les système, OffGel, Rotofor ou GelFree.

La plateforme étant adossée à l’équipe de recherche Spectrométrie de Masse des Macromolécules Biologiques, UMR 5248 CBMN, des projets collaboratifs peuvent être menés autour des thématiques ci-après. Pour tous nouveaux projets sur les thématiques suivantes, veuillez contacter la responsable de l’équipe de recherche Caroline Tokarski et le responsable de la thématique.

• Analyse structurale des protéines par échange isotopique ou cross-linking (responsable : Stéphane Chaignepain).

• Imagerie par Spectrométrie de Masse (responsable : Nicolas Desbenoit).

• Analyse des N- et O-glycoprotéines / glycopeptides (responsable : Katell Bathany)

• Analyse par spectrométrie de masse en tandem de protéines intactes – protéomique de type « top-down » (responsable : Caroline Tokarski).

• Analyse de traces et ultra traces dans le domaine du patrimoine culturel (responsable : Caroline Tokarski).