Modalité d’accès
Processus d’analyse
Prise de contact
Modalités de la prestation
Réception des échantillons
Réalisation de la prestation
Rendu des résultats
Service après livraison
Processus d’analyse
Prise de contact
Avant de soumettre des échantillons, il est souhaitable de prendre contact avec la plateforme Bordeaux Protéome afin d’établir une stratégie d’analyse adaptée et mettre au point les conditions expérimentales (préparation et analyse).
Les projets nouveaux devront faire l’objet d’une demande auprès de Caroline Tokarski. Les autres demandes peuvent être effectuées directement auprès de vos interlocuteurs habituels. Une fiche de demande d’analyse est disponible et devra être complétée afin d’étudier la faisabilité du projet. Une réunion préparatoire pourra être organisée entre les partenaires si nécessaire. La responsable de la plateforme désigne un « contact » qui deviendra l’interlocuteur privilégié de l’utilisateur. L’utilisateur valide la demande d’analyse (cahier des charges, type de prestation, échéancier, devis, personnel impliqué).
Modalités de la prestation
Les prestations sont rendues soit sous forme de collaboration, soit sous forme de prestation de recherche:
- Dans le cas d’une collaboration, le laboratoire porteur du projet scientifique assume les frais de fonctionnement. Dans ce cas, le personnel de plateforme impliqué est co-propriétaire des résultats et co-auteur des éventuelles publications scientifiques résultant de la collaboration.
- Dans le cas d’une prestation de recherche, le laboratoire porteur du projet scientifique assume non seulement les frais de fonctionnement mais aussi les frais d’expertise. Dans ce cas, le laboratoire porteur du projet reste propriétaire exclusif des résultats.
Une définition du cadre strict de la prestation ainsi qu’un devis seront établis à chaque demande faite Bordeaux Proteome.
Réception des échantillons
Des conseils et précautions autour de la préparation des échantillons sont donnés à titre d’information sur notre site web. Nous conseillons fortement aux utilisateurs de suivre ces quelques règles afin de se placer dans les conditions optimales pour l’obtention d’un résultat pertinent.
- Réception des échantillons (solution, gel, bande/spot) sur place (aux heures ouvrées) ou via envoi postal (-20°C ou carboglace pour les échantillons en solution, envoie de morceau de gel à température ambiante dans 1% acide acétique).
- Stockage immédiat des échantillons à la température adéquate : -20°C ou -80°C sur demande pour les échantillons en solution, 4°C pour les gels et spots/bandes).
- Suivi des échantillons et des enregistrements selon une nomenclature précise.
Bordeaux Proteome accepte de traiter des morceaux de gels colorés au nitrate d’argent. Dans ce cas, la plateforme ne pourra être tenue comme responsable en cas d’échec de l’analyse.
En cas d’échantillons en solution, l’utilisateur évitera la présence dans ses échantillons de sels, de glycérol, de détergents ou encore de polymères. A défaut, l’utilisateur indiquera à Bordeaux Proteome la présence et la concentration de ces contaminants.
Pour la spectrométrie de masse, les seuls contenants acceptés sont les tubes ou microplaques en polypropylène non colorés et non traités. L’utilisateur s’assurera de l’étanchéité de ses tubes ou de sa plaque.
Descriptif des prestations
| Prestations | Détail |
|---|---|
| Préparation des échantillons | Réalisée en adéquation avec les stratégies technologiques choisies et en concertation avec le porteur de projet. |
| Dosage protéique | Test Bradford. Une courbe étalon est établie à chaque dosage. |
| Electrophorèse | 1D-PAGE avec marqueurs de poids moléculaires. |
| Analyse d’image | Numérisation des gels et analyse par densitométrie. Les images de gel sont envoyées par défaut au format .jpeg. Les données brutes sont conservées et envoyées sur demande. |
| Electrophorèse en veine liquide | Rotofor, Offgel (pI) ; gel Free (MW) |
| Préparation des échantillons | Trypsine ou endoprotéase au choix selon impératif ou spécificité du projet. |
| Analyse LC-MS/MS | Identification des protéines par couplage nanoLC-ESI-MS/MS Orbitrap. Durée de gradient chromatographique variable . Données interrogées via Proteome Discoverer contre la banque de données la mieux adaptée (définie en concertation avec le porteur de projet). |
| Analyse d’expression différentielle | Analyses quantitatives conduites sur un spectromètre de masse de type orbitrap permettant une sensibilité et une vitesse de scan optimale pour l’analyse d’échantillons très complexes. Traitement des données via le logiciel Proteome Discoverer pour l’identification et l’intégration des données quantitatives. Calculs des ratios et tests statistiques établis en concertation avec le porteur de projet. Données brutes mises à disposition. Bilans rendus sous format excel. |
Rendu des résultats
Les résultats seront envoyés en version électronique via un courriel ou un serveur ftp. Sur demande, les résultats peuvent être communiqués à l’utilisateur sur le support de son choix. Les fichiers seront sous format *.zip, *.docx, *.xlsx ou *.pptx. Les bilans protéiques sont présents au format .xlsx. Les bilans précisant le traitement complet des échantillons et les conclusions formulées par le personnel de la plateforme sont envoyés au format .docx.
Le personnel de la plateforme reste à l’entière disposition des utilisateurs pour répondre à toutes les questions soulevées et les assister dans les étapes de valorisation des résultats.
Bordeaux Proteome considère que, sans réponse du client sous 10 jours, le dossier comme accepté et clos.
Bordeaux Proteome s’engage à ne divulguer aucune information relative au projet autre que le nom de l’utilisateur et le titre du projet. Sur demande, le titre du projet peut lui aussi être confidentiel.
Bordeaux Proteome n’assure la conservation des échantillons que pendant la durée de réalisation de la prestation. Les conditions de conservation des échantillons sont spécifiées par le client dans la demande d’analyse. Dans le cas contraire, les échantillons biologiques sont conservés à -20°C. Les gels sont systématiquement conservés à 4°C. Le client peut également spécifier s’il souhaite récupérer les échantillons restants. Dans le cas contraire, les échantillons seront éliminés dans le cadre de la filière d’élimination des déchets biologiques.
Bordeaux Proteome n’assure la conservation des données brutes que pendant la durée de réalisation de la prestation. Le client, s’il souhaite pouvoir disposer des données brutes, doit le spécifier dans la demande d’analyse.
Service après livraison
Bordeaux Proteome propose aux porteurs de projets d’organiser une réunion de clôture discuter des résultats et des perspectives du projet. Le porteur de projet peut faire la demande de cette réunion de clôture auprès de son contact et/ou du responsable de la plateforme.
Sous réserve que les données brutes soient toujours disponibles, Bordeaux Proteome peut ré-interroger les données brutes. Les demandes de ré-interrogation devront être motivées et adressées au responsable de la structure directement.
Dans le cadre d’une valorisation des résultats issus de Bordeaux Proteome, son personnel s’engage à rédiger le matériel et méthode correspondant et à aider les porteurs de projets dans l’exploitation des résultats.
L’affiliation de la plateforme telle qu’elle doit apparaître dans les articles est la suivante:
Univ. Bordeaux, Bordeaux Proteome, Bordeaux, France.
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