{"id":1839,"date":"2024-09-03T14:23:30","date_gmt":"2024-09-03T12:23:30","guid":{"rendered":"https:\/\/proteome.u-bordeaux.fr\/?p=1839"},"modified":"2024-12-16T11:15:17","modified_gmt":"2024-12-16T10:15:17","slug":"un-nouveau-workflow-pour-encore-plus-de-sensibilite-le-dia","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/proteome.u-bordeaux.fr\/en\/2024\/09\/03\/un-nouveau-workflow-pour-encore-plus-de-sensibilite-le-dia\/","title":{"rendered":"A new workflow for even greater sensitivity: DIA"},"content":{"rendered":"<p class=\"<p style= \u00bbtext-align : justify ; \u00bb&gt;\">Parmi les techniques d\u2019acquisition de donn\u00e9es utilis\u00e9es en spectrom\u00e9trie de masse, les deux plus populaires sont l\u2019acquisition d\u00e9pendante des donn\u00e9es (DDA) et l\u2019acquisition ind\u00e9pendante des donn\u00e9es (DIA).<\/p>\n\n\n\n<p><strong>Qu\u2019est-ce que le DDA en Spectrom\u00e9trie de Masse ?<\/strong><\/p>\n\n\n\n<p>Dans cette approche, les ions (peptides) sont s\u00e9lectionn\u00e9s pour la fragmentation en fonction de leur intensit\u00e9. Le spectrom\u00e8tre de masse isole un petit nombre d\u2019ions de l\u2019\u00e9chantillon, puis les fragmente en peptides plus petits, produisant ainsi un spectre MS\/MS qui peut \u00eatre utilis\u00e9 pour interroger des banques de donn\u00e9es prot\u00e9iques et remonter ainsi \u00e0 l\u2019identit\u00e9 de la prot\u00e9ine dont provient le peptide. Les crit\u00e8res de s\u00e9lection des ions pour la fragmentation sont principalement bas\u00e9s sur leur intensit\u00e9, les ions les plus abondants \u00e9tant privil\u00e9gi\u00e9s. Une fois les ions choisis correctement fragment\u00e9s, le spectrom\u00e8tre de masse passe au lot suivant d\u2019ions, r\u00e9p\u00e9tant le processus jusqu\u2019\u00e0 ce qu\u2019un nombre suffisant de peptides ait \u00e9t\u00e9 identifi\u00e9 et quantifi\u00e9.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>Qu\u2019est-ce que le DIA en Spectrom\u00e9trie de Masse ?<\/strong><\/p>\n\n\n\n<p>Le DIA consiste \u00e0 fragmenter chaque ion analyte pr\u00e9sent dans un \u00e9chantillon, puis \u00e0 mesurer les rapports masse-sur-charge (<em>m\/z<\/em>) correspondants. Cela g\u00e9n\u00e8re comme pr\u00e9c\u00e9demment un spectre \u00ab\u00a0MS\/MS\u00a0\u00bb, mais, contrairement \u00e0 l\u2019acquisition d\u00e9pendante des donn\u00e9es (DDA), o\u00f9 l\u2019instrument s\u00e9lectionne des ions sp\u00e9cifiques \u00e0 fragmenter en fonction de leur intensit\u00e9 ou de leur abondance, le DIA capture tous les ions fragment\u00e9s dans une plage m\/z pr\u00e9d\u00e9finie. Cela permet la d\u00e9tection et la quantification de chaque analyte d\u00e9tectable dans l\u2019\u00e9chantillon, ind\u00e9pendamment de leur niveau d\u2019abondance ou de leur valeur <em>m\/z<\/em>.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>Pourquoi le DIA est-il meilleur que le DDA ?<\/strong><\/p>\n\n\n\n<p>Le DIA est sup\u00e9rieur pour l\u2019analyse d\u2019\u00e9chantillons prot\u00e9omiques complexes en raison, notamment de sa capacit\u00e9 \u00e0 d\u00e9tecter les peptides \u00e0 faible abondance, de sa sp\u00e9cificit\u00e9 accrue et de sa plus grande reproductibilit\u00e9.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>Comment les donn\u00e9es de DIA sont-elles trait\u00e9es&nbsp;?<\/strong><\/p>\n\n\n\n<p>Les donn\u00e9es DIA (Acquisition Ind\u00e9pendante des Donn\u00e9es) en spectrom\u00e9trie de masse n\u00e9cessitent des algorithmes adapt\u00e9s, tels que Chimerys, pour plusieurs raisons :<\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\">\n<li>Les spectres MS\/MS sont des spectres chim\u00e8res d\u2019une complexit\u00e9 importante qui n\u00e9cessitent la puissance d\u2019algorithmes de nouvelle g\u00e9n\u00e9ration pour d\u00e9convoluer et extraire un maximum de s\u00e9quences de peptides diff\u00e9rents \u00e0 partir d\u2019un seul spectre MS\/MS<\/li>\n\n\n\n<li>Chimerys s\u2019appuie pour cela sur l\u2019Intelligence Artificielle pour pr\u00e9dire \u00e0 la fois la nature et l\u2019intensit\u00e9 des ions fragments attendus d\u2019une s\u00e9quence peptidique ainsi que pour pr\u00e9dire le temps de r\u00e9tention du peptide en question<\/li>\n\n\n\n<li>Chimerys \u00e9value la contribution des diff\u00e9rents peptides au sein de chaque spectre MS\/MS et extrait ainsi une information quantitative pour chacun de ces peptides<\/li>\n\n\n\n<li>Ces informations quantitatives peuvent \u00eatre exploit\u00e9es pour comparer les prot\u00e9omes de conditions analytiques diff\u00e9rentes par la technique label-free par exemple<\/li>\n<\/ul>\n\n\n\n<p><strong>Quels sont les inconv\u00e9nients du workflow analytique DIA-Chimerys&nbsp;?<\/strong><\/p>\n\n\n\n<p>Chimerys s\u2019appuyant sur un entra\u00eenement algorithmique \u00e0 partir de datasets pr\u00e9d\u00e9finis, il est aujourd\u2019hui limit\u00e9 \u00e0 un nombre restreint de modifications post-traductionnelle qui exclut son utilisation pour des projets de caract\u00e9risation structurale des prot\u00e9ines. Les prochaines versions de l\u2019outil n\u2019auront de cesse d\u2019\u00e9largir les modifications post-traductionnelles autoris\u00e9es.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>Quels sont les avantages du workflow analytique DIA-Chimerys&nbsp;?<\/strong><\/p>\n\n\n\n<p>Le nouveau workflow disponible \u00e0 Bordeaux Proteome offre aux biologistes une meilleure sensibilit\u00e9 et une plus grande profondeur d\u2019analyse tant du point de vue quantitatif que qualitatif car la d\u00e9tection d&rsquo;un plus grand nombre de peptide am\u00e9liore la qualit\u00e9 et la pr\u00e9cision de la quantification elle-m\u00eame.<\/p>","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Parmi les techniques d\u2019acquisition de donn\u00e9es utilis\u00e9es en spectrom\u00e9trie de masse, les deux plus populaires sont l\u2019acquisition d\u00e9pendante des donn\u00e9es (DDA) et l\u2019acquisition ind\u00e9pendante des donn\u00e9es (DIA). Qu\u2019est-ce que le DDA en Spectrom\u00e9trie de Masse ? Dans cette approche, les ions (peptides) sont s\u00e9lectionn\u00e9s pour la fragmentation en fonction de [&hellip;]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":1841,"comment_status":"closed","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_jetpack_memberships_contains_paid_content":false,"footnotes":"","jetpack_publicize_message":"","jetpack_publicize_feature_enabled":true,"jetpack_social_post_already_shared":false,"jetpack_social_options":{"image_generator_settings":{"template":"highway","default_image_id":0,"font":"","enabled":false},"version":2}},"categories":[36],"tags":[],"class_list":["post-1839","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-innovation"],"aioseo_notices":[],"jetpack_publicize_connections":[],"jetpack_featured_media_url":"https:\/\/i0.wp.com\/proteome.u-bordeaux.fr\/wp-content\/uploads\/2024\/09\/DIA.jpg?fit=1024%2C1024&ssl=1","jetpack-related-posts":[],"jetpack_sharing_enabled":true,"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/proteome.u-bordeaux.fr\/en\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/1839","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/proteome.u-bordeaux.fr\/en\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/proteome.u-bordeaux.fr\/en\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/proteome.u-bordeaux.fr\/en\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/proteome.u-bordeaux.fr\/en\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=1839"}],"version-history":[{"count":6,"href":"https:\/\/proteome.u-bordeaux.fr\/en\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/1839\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":1848,"href":"https:\/\/proteome.u-bordeaux.fr\/en\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/1839\/revisions\/1848"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/proteome.u-bordeaux.fr\/en\/wp-json\/wp\/v2\/media\/1841"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/proteome.u-bordeaux.fr\/en\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=1839"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/proteome.u-bordeaux.fr\/en\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=1839"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/proteome.u-bordeaux.fr\/en\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=1839"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}